Учреждение создано на основании решения исполнительного комитета Керченского городского совета народных депутатов от 31 августа 1981г. № 663 в качестве Средней школы №12.

31.03.2000г. переименовано в общеобразовательную школу I-III ступеней № 12 города Керчи (решение исполкома Керченского городского совета от 31.03.2000 г. №391-К).

24.10.2003г. переименовано в общеобразовательную школу I-III ступеней № 12 города Керчи Автономной Республики Крым (решение исполкома Керченского городского совета от 24.10.2003г. №906).

21.01.2005г. переименовано в Керченскую общеобразовательную школу I-III ступеней № 12 Керченского городского совета Автономной Республики Крым (решение исполкома Керченского городского совета от 21.01.2005г. №13).

С 18 декабря 2014 г. решением 11 сессии Керченского городского совета первого созыва № 154-1/14 Учреждение носит название Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение города Керчи Республики Крым «Школа № 12».